Thèse Rôle et Pertinence Clinique des Arn Circulaires Induits par le Tgf-Beta dans le Carcinome Hépatocellulaire H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Rennes École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé Laboratoire de recherche : Oncogenesis, Stress and Signaling Direction de la thèse : Cedric COULOUARN ORCID 0000-0002-5692-9586 Date limite de candidature : 2026-05-28T00:00:00
La recherche sur le carcinome hépatocellulaire (CHC) a été identifiée comme une priorité par l'Institut national du cancer (INCa) en raison d'un pronostic sombre. Il est donc urgent d'ouvrir le champ à de nouveaux concepts. Récemment, les ARN circulaires (ARNcirc) ont été impliqués dans la progression du cancer. Nous avons notamment démontré qu'ils contribuent à propager les effets pro-métastatiques du Transforming Growth Factor beta (TGFb). Cependant, deux questions restent largement inexplorées: i) l'identification de la séquence des ARNcirc et ii) les mécanismes par lesquels ils contribuent au cancer. Le projet propose un séquençage long-read par la technologie Oxford Nanopore pour reconstruire la séquence des ARNcirc régulés par le TGFb dans des cellules tumorales de CHC. Cette approche innovante est une condition préalable pour étudier la fonction des ARNcirc. Initialement définis comme non codants, les études fonctionnelles se sont concentrées sur leur rôle d'éponges à microARN. Cependant, des données récentes démontrent que les ARNcirc peuvent être traduits via un mécanisme indépendant de la coiffe qui repose sur des sites internes d'entrée des ribosomes (IRES) et des modifications épitranscriptomiques (m6A). Nous émettons l'hypothèse que de nouvelles protéines ayant des effets inducteurs ou suppresseurs de tumeurs sont générées à partir des ARNcirc régulés par le TGFb. Une analyse intégrée du méthylome (m6A) et du translatome des ARNcirc sera réalisée dans des cellules tumorales de CHC stimulées par le TGFb. Des expériences de gain et de perte de fonction in vitro et in vivo chez la souris combinées à des tests fonctionnels détermineront le rôle des protéines dérivées des ARNcirc. La pertinence clinique des ARNcirc et des protéines dérivées sera déterminée à partir de cohortes bien annotées de patients (CRB foie). Nous attendons du projet qu'il révèle un niveau inexploré de l'activité génique et de nouveaux mécanismes impliqués dans le CHC pour, à terme, améliorer la prise en charge des patients grâce à des options thérapeutiques et des biomarqueurs innovants.

Un séquençage d'ARN long-read par la technologie Oxford Nanopore sera effectué pour reconstruire les séquences complètes des ARNcirc dans des lignées cellulaires de CHC stimulées par le TGF. Cette approche n'a jamais été appliquée au CHC et est une condition préalable pour étudier la fonction des ARNcirc. Une analyse intégrée du méthylome (m6A) par pull-down et du translatome par fractionnement de polysomes des ARNcirc sera réalisée dans les lignées cellulaires stimulées par le TGF pour identifier les ARNcirc possiblement traduits. Des expériences de gain et de perte de fonction in vitro et in vivo chez la souris combinés à des tests fonctionnels en temps réel (Incucyte : e.g. tests de prolifération et de migration) détermineront le rôle des protéines dérivées des ARNcirc dans le CHC. La pertinence clinique des ARNcirc et des protéines dérivées sera déterminée à partir de cohortes bien annotées de patients à partir de tissus tumoraux et de biopsies liquides (réseau national des tumeurs du foie). Nous attendons du projet qu'il révèle de nouveaux mécanismes moléculaires contribuant à la progression du CHC pour améliorer la prise en charge des patients, grâce à l'identification d'options thérapeutiques et de biomarqueurs innovants.

Dans le cadre de sa stratégie décennale de lutte contre le cancer, la France s'est fixé comme objectif d'améliorer significativement le taux de survie des cancers de mauvais pronostic. Le projet de recherche porte spécifiquement sur l'étude du carcinome hépatocellulaire (CHC), un cancer de mauvais pronostic pour lequel les traitements curatifs sont limités. Il est donc urgent d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et des biomarqueurs cliniquement pertinents pour améliorer la survie des patients. Récemment, les ARN circulaires (ARNcirc) sont apparus comme de nouveaux acteurs de la cancérogenèse, via leur rôle de régulateurs de processus oncogéniques (e.g. prolifération) et leur potentiel clinique avéré comme biomarqueurs.